Par ailleurs, si les continuités écologiques peuvent avoir un effet sur la taille de population d'une espèce, il convient de garder en tête que l'isolement géographique est aussi un facteur à l'origine des phénomènes de spéciation. C'est l'isolement qui a contribué à la diversité taxonomique que nous connaissons aujourd'hui, même si la fragmentation et le rythme de destruction des milieux naturels actuels n'ont aucune commune mesure avec ces processus longs et millénaires. De plus, dans certaines conditions, les corridors biologiques peuvent favoriser également la progression de certaines espèces végétales exotiques envahissantes tant redoutées, notamment lorsqu'il s'agit de milieux plus ou moins anthropisés ou de corridors fluviaux. Il convient donc de ne pas vouloir faire feu de tout bois et de ne pas considérer tout espace un tant soit peu végétalisé comme un corridor fonctionnel pour les écosystèmes naturels et semi-naturels.
Bien entendu, ces exemples ne doivent pas décourager les efforts faits pour favoriser la perméabilité des espaces nécessaires à leur reconquête par les espèces. La prise en compte de la flore et de la végétation dans les projets de trames verte et bleue y a toute sa place, car c'est souvent la végétation qui structure et rend accueillants aussi bien les "couloirs de vie" que la matrice qu'ils traversent. Ils nous conduisent juste à pondérer les approches et nous enseignent l'humilité que tous nous devons avoir face à la complexité du vivant. Oser s'y confronter, c'est accepter ses contradictions et mieux assumer ses choix.
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