La TVB a comme principal objectif de permettre les déplacements de nombreuses espèces, de faune comme de flore et de milieux divers. Pour cela elle s’appuie sur des éléments composés de différents milieux naturels favorables à des cortèges d’espèces variés.
En revanche, pour l’identification de la TVB, chaque échelle est libre d’utiliser la méthode de son choix et à ce titre de s’appuyer ou non sur des données relatives aux espèces. Les approches utilisées reposent le plus souvent sur des approches complémentaires et combinées, centrées sur des espèces, sur des habitats naturels, sur l’occupation des sols, sur les espaces protégés ou inventoriés ou sur les paysages. Le cas échéant, les connaissances et les données sur les espèces peuvent intervenir à plusieurs étapes : entrée possible d’identification de la trame (répartition pour identifier des réservoirs de biodiversité, modélisation de leurs déplacements pour l’identification des corridors écologiques, ...), élément de validation de la pertinence de la trame (vérification que la TVB est effectivement propice à une ou des espèces en particulier présentant des enjeux sur le territoire (cas notamment des espèces retenues pour la cohérence nationale de la TVB qui doivent être prises en compte par les schémas régionaux de cohérence écologique), indicateur de suivi de l’efficacité de la TVB. Les connaissances et les données sur les espèces peuvent aussi être utilisées en guise d’illustration et de communication sur la démarche de la TVB.