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Pour suivre et évaluer la Trame verte et bleue, le MNHN-SPN a formulé en 2011 des propositions au Ministère de l'écologie, dont celle de recourir à l'outil génétique. L’idée est d’évaluer, grâce aux distances génétiques entre populations de quelques espèces réparties par sous-trame, l’évolution de l’état de fragmentation de ces sous-trames à l’échelle de chaque région, entre l’avant SRCE et l’après SRCE. Pour étudier la pertinence et la faisabilité de cette proposition, IRSTEA, qui pilote la réflexion nationale sur le suivi/évaluation TVB, et le MNHN-SPN ont sollicité plusieurs experts en génétique du paysage. A travers quelques exemples de projets et des échanges entre experts, ce rapport constitue ainsi un premier apport destiné à affiner ces questions de faisabilité. De nombreuses interrogations persistent mais les différentes études menées par la recherche depuis quelques décennies confirment que l’outil moléculaire s’avère particulièrement pertinent pour l’objectif de suivi fixé par le Ministère de l’écologie. L’avantage fort de cet outil est qu’il répond à la question de la connectivité fonctionnelle (y a-t-il réellement des échanges entre populations ?) et pourrait ainsi permettre un diagnostic à l’échelle régionale ciblé sur la fragmentation, objet majeur de la TVB.