Le dispositif Natura 2000 vise à concilier préservation de la biodiversité et activités humaines. À ce titre, il participe directement à l’objectif d’intégrer les enjeux de biodiversité dans les politiques territoriales. Les synergies sont possibles et surtout nombreuses avec les autres politiques et démarches déployées sur les territoires. Ce document revient ainsi sur diverses expériences positives menées par des animateurs Natura 2000 dans plusieurs régions, permettant une approche intégrée à travers :
Animer et/ou participer à différentes instances de gouvernance représente donc un paramètre majeur pour mieux faire connaître et approprier les enjeux des sites, et ainsi gagner en efficacité sur le moyen et le long terme. Cette implication des animateurs Natura 2000 participe en outre pleinement aux objectifs locaux et nationaux de lutte contre l'érosion de la biodiversité, d’atténuation et d’adaptation au changement climatique ainsi que de protection de la ressource en eau.